Lipizzanerens historie begynner ved grunnleggingen av stutteriet Lipizza i 1580. På grunn av krig ble det etterhvert vanskeligere å kjøpe hester i Spania, og derfor besluttet hoffet i Wien å opprette sitt eget stutteri. Valget falt på den Slovenske Karst, et fjellområde 400 meter over havet. Fra bispedømmet Trieste kjøpte man en eiendom hvor landsbyen Lipizza fulgte med, og besluttet å opprette et stutteri her. Dette var et øde området, med lite skog og nesten ikke tilgang til vann, med hete somre og kalde vintre. Her ble den edle rasen Lipizzaner til, en hesterase som bærer alle utmerkede egenskaper fra forfedrene i sine årer.
Å grunnlegge det "Kongelige og Keiserlige
Hoffstutteriet Lipizza" på det ugjestmilde Karstplatået, viste seg å være en
langtrekkende avgjørelse. Siden 1580 er det blitt avlet hester her, og de har beholdt
sine gode egenskaper og sin adel etter mer enn 400 år med renavl.
På oppdrag fra det keiserlige hoff kjøpte Baron Khevenhiller i 1580 ni hingster og 24 avlshopper i Spania og brakte dem til Lipizza. Sammen med de opprinnelige karsthestene dannet de grunnlaget for stutteriet i Lipizza. Rasen ble opprinnelig kalt for "karster rase - lipizzaner type".
At det var et omfangsrikt arbeid å starte stutteriet kan det ikke være tvil om. Staller ble bygget, beiter ble anlagt og trær ble plantet. Men allerede etter fem års drift ble de første oppdrettede hestene levert som keiserlige representasjonshester. Regelmessig importerte man nye spanske hester, og i 1774 ble neapolitaner-hingsten Conversano importert fra Napoli. I 1780 besto flokken av 150 avlshopper, og fordi man fortsatt ville forbedre kvaliteten importerte man nye avlshingster med gammel spansk og italiensk bakgrunn blant annet fra stutteriet Fredriksborg i Danmark og hoffstutteriet Kladrub i Böhmen. Med senere innblanding av araberblod har rasen blitt slik vi kjenner den i dag.
På grunn av store vedlikeholdskostnader ble stutteriet ofte truet av flytting og nedleggelse, men dette ble heldigvis aldri gjennomført. En større prøvelse ble krigene som hestene ble utsatt for. Da den første verdenskrig sluttet i 1918, hadde Lipizza blitt italiensk. Østerrike ville ikke gi avkall på rasen, og etter mange forhandlinger ble man enige om fordelingen av hestene; Østerrike fikk 97 hester, og Italia 107. Avlsmaterialet i Østerrike ble plassert i Piber, nær Graz. Også i Tsjekkoslovakia startet man et eget stutteri, Topol_ianky, med de hestene som ble tilbake i Kladrub etter krigen. Som følge av krigen mistet stutteriet i Lipizza etter 339 år sitt opprinnelige navn; "Keiserlige og Kongelige Hoffstutteri Lipizza".
Stutteriet Lipizza fortsatte avl på lipizzanere etter at Italia den 16. juli 1919 hadde fått tildelt 107 hester etter den første verdenskrig. I 30-årene var det kun et trettitall hopper igjen. For å kompensere for følgene av noen mislykkede avlseksperimenter kjøpte man i 1939 to avlshingster i Stancic; 750 Neapolitano Slavonia I og 1121 Favory Slava II, som raskt ble de to viktigste avlshingstene i Lipizza. I årene 40/41 vokste antallet hopper til 52.
Etter at Italia kapitulerte i 1943 i den andre verdenskrig, ble
alle de 179 hestene flyttet til Hostau i Böhmen. Etter krigen hadde Lipizza blitt
slovensk, og først etter lange forhandlinger fikk Lipizza tilbake 11 av de 179 hestene.
De resterende ble fordelt mellom Italia og Østerrike. I slutten av 1947 hadde Lipizza 23
avlshester og med disse begynte man gjenreisingen av stamstutteriet for lipizzanere. I
slutten av 1948 var stutteriet gjenreist etter å ha blitt vanskjøttet under krigen.
Antall hester økte etter hvert, og i 1950 hadde man kommet opp i 180 hester. Det var imidlertid fortsatt en meget vanskelig oppgave å nå opp til det kvalitetsnivået man hadde hatt tidligere. De nye hestene hadde i liten grad vært gjenstand for selektiv avl, hverken eksteriør- eller prestasjonsmessig. Lipizza begynte å avle en mer ridetypisk Lipizzaner, da det etterhvert ble mindre bruk for landbrukshester, og ikke lønnsomt med barokke hester som bare kunne brukes i den "høye skole".
Mot slutten av 50-årene fikk stutteriet økonomiske problemer. En god del av hestene ble solgt unna, og det var seriøse planer om å nedlegge stutteriet. En internasjonal hjelpeaksjon for å bevare stutteriet ble satt i gang, og etter at avlsmålet ble litt forandret, gikk det bedre. Det nye avlsmålet var en lipizzaner av den opprinnelige typen, dog med visse forandringer som gjorde hesten bedre egnet som ridehest. Hingster ble kjøpt eller leiet, fra f.eks. Piber, og man gjorde en streng seleksjon av avlshoppene som skulle være omtrent 163 cm i bandmål, de måtte ha en godt utviklet manke, lave og romslige bevegelser og et elegant hode. Man fortsatte opplæring av hingster i klassisk dressur, og en skole for kjørehester. I tillegg åpnet stutteriet sine dører for turister.
Lipizza klarte seg igjennom denne vanskelige perioden men dessverre varte freden ikke så lenge. Da Jugoslavia igjen kom i krig og turistene uteble, forsvant også en viktig del av inntektene til stutteriet. En ny internasjonal hjelpeaksjon måtte til for å redde stutteriet, og det ser nå ut til at stutteriet også har overlevet denne siste krisen.
